L’Accademia Pugliese delle Scienze non persegue fini di lucro e ha per scopo l’incremento delle Scienze Fisiche e Morali. Promuove studi e ricerche nei vari campi dello scibile e organizza sia seminari di altissima specializzazione che conferenze idonee a favorire la divulgazione della cultura scientifica. Gode del diritto di darsi propri ordinamenti, ai sensi dell’art. 33 Comma VI° della Costituzione, e assolve i propri compiti istituzionali in modo autonomo nei limiti stabiliti dalle leggi dello Stato. È formata da due Classi, una di Scienze Fisiche Mediche e Naturali e l’altra di Scienze Morali. Ciascuna Classe è composta di un numero massimo di 60 Accademici Ordinari e di un numero illimitato di Accademici Corrispondenti e Onorari. Fa parte della Unione Accademica Nazionale (UAN)  che consocia le Accademie Italiane con caratteri e fini nazionali esprimendone attualmente il Vice Presidente protempore.